保护区内群峰连绵，北部黄岗山海拔2158米，为我国大陆东南部最高峰，素有“华东屋脊”之称，度假区距黄岗山顶约90公里。这里包含了我国中亚热带所有的植被类型，还是世界闻名的野生动物乐园。攀登黄岗山，沿途可观赏桐木关断裂带、古涧飞瀑，并领略植被垂直带谱：垂直分布在海拔350-1400米之间的是甜槠、木荷等树种群；分布在海拔500-1700米的是针叶阔叶过渡林带；分布在海拔1700-1970米处的为中山苔藓矮曲林带，分布在1700-2158米的黄岗山顶部或缓坡低洼地段的为中山草甸带，由于环境极端特殊，生育着野青茅、沼原、野古草等形成山巅绿茵"草原"。中山草甸、日出和云海是黄岗山的一大旅游特色。武夷山的野生动物现在已经知道的有5000多种。国家重点保护动物57种，中国特有的野生动物49种，哺乳动物70种左右，最珍贵的哺乳动物当数华南虎和金钱豹；野生鸟类近 200种鸟类中：留鸟90多种、候鸟60多种、旅鸟30多种，著名珍禽有黄腹角雉等；爬行动物70多种，蛇类中有眼镜王蛇、眼镜蛇、五步蛇和银环蛇等10种毒蛇；两栖动物已知有40种左右，最出名的蟾类是“角怪”。蜱螨昆虫约有 2万种左右，“金斑喙凤蝶”是全世界最珍贵的蝴蝶之一，武夷山的蝴蝶大约有200多种。 因此，武夷山自然保护区以"世界生物之窗"、"天然植物园"、"生物模式标本产地"、"蛇的王国"、"鸟的天堂"、"昆虫的世界"、"研究亚洲两栖爬行动物的钥匙"的赞誉而蜚声中外。